基因和蛋白不一致的分析

2021年2月28日发(作者：头上长红疙瘩)
这是我最近实验遇到的问题，拿出来请教一下各位

我的目的基因经
real-time pcr
验证，在病灶区和非病灶区中，
20
多对样本，
两两对照，最低的表达差异也要高出
10
倍。
< br>但是我用
western
和组化研究蛋白时，
发现表达几乎无差异。
我 在考虑可能是
什么可能使得目的基因在
mrna
水平上变化如此之大
（我认为 这变化应该和我
研究的疾病有关，可能是疾病的因，也可能是果，不然不会在疾病中表达差
异这 么明显这么一致，不知各位同意否）
，以便设计我下面的实验。

我想出来的可能性：

1
、
可能我的目的基因位于基因组拷贝数变化 的一个区域内，
可能是它相邻的
基因在疾病中发挥了作用，
但是我用
real -time
做过它相邻的基因，
没有变化，
因此我基本否认了这个猜测。
< br>2
、
也可能是另一种蛋白高表达引起了这个疾病，
而这个蛋白可能同时又调控< br>我研究的目的基因的表达，不知这样的猜测应该如何设计实验进行验证比较
好？

因为才疏学浅，
只想到了这两种可能性，
因为请问还有没有其他的可能性呢？
望版上 各位不吝赐教。


首先建议验证
qPCR assay
的重复性和可靠性。

2.
有无在
mRNA
水平由于
alternative splicing
而引起的两者水平不一致？


关于这个问题，要分开两步来分析。

第一，
在
mRNA
水 平，
你用不同的样本、
多次
qPCR
均有
10
倍以上的差异 ，
相信你的结果是非常肯定的，这一结果不用怀疑；

第二，在蛋白质检测水平，你用免疫组化与
western blot
均证实该抗体的信号
没有明显差异，个人觉得这个结果也应该比较肯定的；

但是，两者的不一致导致你的怀疑，难以解释。从
mRNA
到蛋白一般来说很
少出现这样的差异，至于
alternative splicing
的可能，你可以认真检索 一下该
基因是否存在
splicing
而产生的多个
transcripto r
，
而你的引物又刚好引起了这
种差异。因为现在的引物设计软件是比较严谨的，这种 原因可以分析出来。
由于这个基因不是新的，所以很多信息都可以查到，这个问题很容易解决。


到于蛋白质的检测要受到抗体特异性的限制，你所使用的抗体是否是国际公
认的大公 司所生产的，有没有其它文章已经使用过并且证明特异性很好；能
否找一个该基因明显变化的细胞模型，
然后用
qPCR
与
western
检验一下该基
因的变化。


还有一种非常低级、概率非常低的可能，就是你所买的抗体根本就不是你所