蛋白质数据库应用swiss-port和PPD

2021年1月26日发(作者：吴纯一)




摘

要



本文对
SWISS-PROT
和
PDB
两个数据库进行了简要介绍以 及如何进行
序列的单个下载和批量下载进行了说明。


关键词：
SWISS-PROT
PDB

下载




ABSTRACT




In this paper,I make a brief introduction about SWISS-PROT and PDB and how to
make a single download and batch download about sequence.


Key words
：
SWISS- PROT

PDB

download

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摘

要
.............................. .................................................. .................................................. .............
0

ABSTRACT

.
.................................................. .................................................. ................................
1

一

Swiss-Port
的使用方法
........... .................................................. ...............................................
4

1.1
网站简介

.
........... .................................................. .................................................. ............
4

1.2
数据下载：

.< br>............................................... .................................................. ......................
5

二
PDB
的使用方法

.
........................ .................................................. ..........................................
5

2.1
网站简介

.
........... .................................................. .................................................. .............
5

2.2
数据下载

.< br>............................................... .................................................. ..........................
9


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一

Swiss-Port
的使用方法

SWISS-P ROT
是经过注释的蛋白质序列数据库，由欧洲生物信息学研
究所
(EBI)
维护。数据库由蛋白质序列条目构成，每个条目包含蛋白质序列、
引用文献信息、分类学信息、注释等， 注释中包括蛋白质的功能、转录后
修饰、特殊位点和区域、二级结构、四级结构、与其它序列的相似性、 序
列残缺与疾病的关系、序列变异体和冲突等信息。
SWISS-PROT
中尽可能< br>减少了冗余序列，并与其它
30
多个数据建立了交叉引用，其中包括核酸序
列库 、蛋白质序列库和蛋白质结构库等。利用序列提取系统
(SRS)
可以方便
地检索SWISS-PROT
和其它
EBI
的数据库。
SWISS-PROT< br>只接受直接测序
获得的蛋白质序列，序列提交可以在其
Web
页面上完成。Swiss-Port
的网
址为
/sprot
。

1.1
网站简介


打开网站后可以找到如下所示部分：


在
处可以查询序列。点击后会有如下界面：


在
输
入
区
输
入
序
列
：
MQIFVKTLTGKTIT LEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKE STLHL
VLRLRGG
，
点击
按钮可以进行查找
（查找时还可以 在其下方进行一系列
的筛选条件控制）
。

查询后会看到如下界面，
在这里可以看到你进行查询的时间，
查询所用时间，
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