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1M
硫脲
+10mM EDTA+1M
尿素可否用于解决
DNA-
蛋白质交
联????
同时含有高浓度的解聚剂
尿素和硫脲
,
两者联合发挥协同作用,< br>增强溶解疏水蛋
白质效应
.
一同使用的时候通常尿素的浓度是5-7M
,而硫脲是
2M
。含有尿素的溶液在操作
时一定要注意控制温度 ,温度过高(
>37
℃)会造成分解,而温度过低可能造成
析出。
裂解液[
7M
尿素
/ 2M
硫脲
/ 1%(w/v) ASB14
(
amidosulfobetaine 14
)
/
0.5%(v/v) Triton X-100 / 30mM DTT / 40mM Tris
碱
/ 0.5% Biolytes pH3-10
7M
尿素+2M硫脲+4%CHAPS构成的变性环境已经足以抑制大部 分蛋白
酶的活性
,
2M硫脲+4%CHAPS对于抽提膜蛋白有很大的帮助,
不过如果
您专职做膜蛋白建议采用分级抽提法。
EDTA用于灭活金属蛋白酶(主要是其鏊合作用)
蛋
白
酶
K
是
一
种
枯
草
蛋
白
酶
类
的
高
活
性
蛋
白
酶
,
从
林
伯
氏
白
色
念
球
菌
(
Trit irachium album Limber
)中纯化得到。该酶有两个
Ca
2+< br>结合位点,它们
离酶的活性中心有一定距离,
与催化机理并无直接关系。
然而,
如果从该酶中除
去
Ca
2+
,由于出现远程的结构变化,催化活性将 丧失
80%
左右,但其剩余活性通
常已足以降解在一般情况下污染酸制品的蛋白质。< br>所以,
蛋白酶
K
消化过程中通
常加入
EDTA
(以抑 制依赖于
Mg
2+
的核酸酶的作用)
。但是,
如果要消化对蛋白酶< br>K
具有较强耐性的蛋白,如角蛋白一类,则可能需要使用含有
1mmol/l Ca2+
而不
含
EDTA
的缓冲液
。在消化完毕后、纯化核酸前要加 入
EGT
(
pH8.0
)至终浓度为
2mmol/L,
以鳌 合
Ca
2+
。
蛋白酶
K
,是一种切割 活性较广的丝氨酸蛋白酶。它切割脂族氨基酸和芳香族氨
基酸的羧基端肽键。
此酶经纯化去除了
RNA
酶和
DNA
酶活性。
由于蛋白酶
K
在尿素和
SDS
中稳定,
还具有降解天然蛋白质的能力,
因而它应用很广泛,
包括制备
脉冲电泳的染色体
DNA
,蛋白质印迹以及去除
DNA和
RNA
制备中的核酸酶。蛋白
酶
K
的一般工作浓度是
50
—
100
μ
g/ml
。在较广的
pH
范围内(
pH
4-12.5
)均有
活性。推荐反应缓冲液:
50mM Tris-HCl (pH7.5),10mM CaCl
2
。
值得注意的是,蛋白酶
K
在原位杂交技术中通常用于杂交前的处理
,
它具有消 化
包围靶
DNA
蛋白质的作用
,
以增加探针与靶核酸结合的机会,
提高杂交信号
.
但蛋
白酶
K
的浓度过高、消化时间过 长或孵育温度过高时
,
都会对细胞的结构有一定
的破坏
,
导致组织切 片的脱落
,
细胞核的消失
,
从而影响杂交结果
.
EDTA< br>缓冲液可
以替代蛋白酶
K
的
作用
,解决上述出现的问题
,
并能达到理想的染色效果
.
孵育温度 为
55
至
65
℃,理想孵育温度为
58
℃,孵育时间为15
分钟至
48
小时;
理想孵育时间为
2
小时
Marker
的相关疑问
MM.
我用的是可视
marker
(
BIO_RAD
), 但是电泳总跑不全
8
条带,请问什么原因?怎样改
善?胶用过
8
%,
10
%,
12
%,都是这样。
marker
是新买的。
解答:一般来说,是小分子量
Marker
跑走了,增加胶浓度或减少电泳时间 试试看。当然梯
度胶也是不错的选择。
NN.
用的是
Roche molecular Biochemicals
公司的由
100kd
,
75 kd
,
45kd
,
30kd
,
20kd
,
10kd
组成的
marker
。开始做
Western Blot
时 还能够看到
marker
,当然也仅能看见其中最
多三条带。用
80V
进行
SDS- PAGE
电泳,用恒压
10V45min
转印的。前几次做
Western Blot
时没有进行丽春红染色,
但尽管用了此方法也仅能看到
marker
有一条大约是
30KD
的条带出
现。再就是把
70KD
和
1 30KD
两个目的蛋白同时在一块胶上进行分析,用培养基样品进行分
析,没有用间接法,而是 直接用融合蛋白
C
端的
V5
表位的酶联抗体(
Anti-V5-HR P
)。但就
是出不来结果,我很茫然。谢谢您过给予指点!
解答:
1
、“我用的是
Roche
molecular
Biochemicals
公司的由
100kd
,
75kd
,
45kd
,
30kd
,
20kd
,
10kd
组成 的
marker
。开始做
Western Blot
时还能够看到
m arker
,当然也仅能看见
其中最多三条带。”有的时候,
Prestained
Marker
放久了效果就会变差,电泳是条带不清
晰,扩散。
但是你的问 题可能还有其他的方面的问题,可能是蛋白跟膜结合的不紧密。
转移
是多加点甲醇。
2
、
“前几次做
Western
Blot
时没有进行丽春 红染色,
但尽管用了此方法也仅能看到
marker
有一条大约是
30KD< br>的条带出现。”转移时半干法建议用恒流,你这样的也就
30kd-50kd
的
转移地比较好。
3
、
“再就是把
70KD
和
13 0KD
两个目的蛋白同时在一块胶上进行分析,
用培养基样品进行分
析,没有用间接法 ,而是直接用融合蛋白
C
端的
V5
表位的酶联抗体(
Anti-V5 -HRP
)。”
是否检测了表达量,
二抗是否是好的,
你做了阳性 对照?你要做这么大的蛋白最好转移时间
延长到
1.5hrs
。
6.
染色的选择
OO. Western Blot
哪种染色好?
解答:
(
1
)
阴离子染料 是最常用的,
特别是氨基黑,
脱色快,
背景低检测极限可达到
1.5
μ
g
,
考马虽然与氨基黑有相同的灵敏度,
但脱色慢,
背景高。丽春红
S
和快绿在检测后容易从蛋
白质中除去,
以便进行随后的氨基酸分 析。
缺点是:
溶剂系统的甲醇会引起硝化纤维素膜的
皱缩或破坏。不能用语正电贺的膜。灵敏度低。
(
2
)胶体金,灵 敏度高,检测范围可到
pg
级,但染色比稳定。
(
3
)生 物素化灵敏度位于
1
、
2
之间,可用于任何一种膜。
7.
参照的疑问
PP.
是否
Western Blot
实验半定量一定要加
ACTIN
内参?
解答:对于发表文章的实验最好加内参,实验严谨。
QQ.
用
BANDSCAN
分析结果行吗?
解答:分析一般的结果没问题。
RR.
核内抗原
Western Blot
内参选择什么合适?
解答:
可以选用组蛋白,
组蛋白在细 胞核中的表达是很稳定的,有很多都可以当成内参,在
网上查查就可以选出你要的内参。
SS.
转膜时采用电流是否比电压准确,是否根据
0.8mA/cm2
,一 般
1
小时左右?
解答:不是的,
半干法推荐用恒流,一般根据目的蛋白的大小来确定电流和时间。
TT.
做半定量人卵巢癌细胞系的
Western Blot
,内参
B-actin
,
GAPDH
,那个好?
解答:选用
beta-actin
就可以。
8.
缓冲液配方的常见问题
UU.
转膜后的脱脂奶粉封闭时,
所用的防沫剂
A
是什么?还有
Tris- HCl
是不是就是用
Tris
和盐酸配出来的呢?
解答:转膜后的 脱脂奶粉封闭液是
5%
的
TBST
脱脂奶粉。
Tris
-< br>HCl
就是
Tris
盐用
HCl
调
ph
值, 配置而成。
VV.
准备做大鼠脑子的
Western Blot
,蛋白质位于细胞核中,请问此蛋白质的提取液及操
作方法是?每一步都必须要低温吗?这种蛋白质是磷 酸化的蛋白质,
操作时如何防止去磷酸
化的发生?
解答:可以用提取总蛋白 的
buffer
提核蛋白,可以加
NaF
防止去磷酸化。
WW.
想问一下细胞裂解液选择蛋白酶抑制剂时有什么原则吗?受不受组织来源的影响?胞< br>膜和胞浆有区别吗?
解答:
一般来说提取时加入光谱的蛋白酶抑制剂就可以了 ,
操作时保持低温。
除非有文献特
别指明用特殊的方法,一般来说都没有区别。
XX.
最近作了两次
Western
Blot
,不但没阳性 结果,显色背景都没有,电泳和转膜都染过,
有条带。底片和显色液及
DAB
显色液均 试过,没问题。
1
、检测
GAD--
分子量
67kd
,提取 液
有蔗糖,其余同三去污裂解液。蔗糖不会有影响把?样本
--20
度放置一周内测。
2
、一抗放
置
2
年,可能效价不高!用的是
1:100< br>。如果是一抗的原因,不会背景都没有把?
3
、第一
次有不均匀背景,因为一抗 过夜时密封袋不均匀。后两次无背景显色。
4
、封闭液用的是含
15%
脱脂奶 粉
TBST
,
漂洗液用的是含
1%BSA
的
TBST
液,
TWEEN-20
为
0.1%
,
不会是封闭液的
问题吧?
解答:
可以在下面几个问题上找找原因。
1.
封闭液用
5
%
Milk
,
漂洗液
(
washing
buffer
用
TBST
)
2.
看看一抗是否能
work
,降 到
1
:
20
。
3.
看看二抗是否有问题。
YY.
加甲醇的目的是什么?
解答:
加甲醇起着一定的固定作用 ,
因为小分子蛋白质容易转出去
.(
特别是在硝酸纤维素膜
上,因为
NC
膜结合蛋白质的能力较弱
)
。
ZZ. “转膜后的脱脂奶粉封 闭液是
5%
的
TBST
脱脂奶粉”,其中
TBST
最后那个
T
是
Tween
吗,浓度多大?
解答:
是
Tween
,
配方如下
:Tris- Buffered
Saline
Tween-20
(TBST),
Dissolve
8.8g
of
NaCl
,
0.2g
of
KCl
,
and
3g
of
Tris
base
in
800ml
of
distilled
H2O,
Add
500ul
of
Tween-20,
Adjust the pH to 7.4 with HCl, Add distilled H2O to 1L, Sterilize by autoclaving.
AAA.
封闭,一抗,二抗时的温度有没有什么规定呢 ,比如现在我就在室温里做,或者要在
4
度下
?
解答:
均可在室温 进行,
如果时间不够,
一抗孵育可以先在室温进行一个小时,然后
4
度过夜。
BBB.
实验室暂无
NP40
我 用
sds
可以吗?另外有过用尿素和硫脲提取膜蛋白吗?配方如下:
7M
尿素,
2M
硫脲,
Triton-x-100 0.2ml
,新鲜加入:
65mM DTT
蛋白酶抑制剂:试剂盒
HaltTM Protease inhibitor cocktail kit 1%(v/v)
是用于抽提双向电泳用蛋白的配方。
不止用于抽 提细胞全蛋白
(主要是想得到其中的膜蛋白)
是否可行?
改良的
RIPA
裂解缓冲液
(
,
50 mmol/L
,
pH 7.5; NaCl
,
150 mmol/L; NP-40
,
1%;
脱氧胆酸钠,
0.5%; SDS
,
0.1%; EDTA
,
1 mmol/L; PMSF
,
1 mmol/L; Leupeptin
,
2 < br>μ
g/ml)
不知对于膜蛋白效果如何?此外该方中的
EDTA
,
是否用做蛋白酶抑制剂?
解答:
做2-D绝对不推荐使用NP-40 (因为即使进口的NP-40也不纯,
,其中的
杂质会影响质谱结果)。对于动物细胞,其蛋白 酶活性较弱(相对于组织和大肠杆菌等),
可以不使用
cocktail
,
因 为
7M
尿素+2M硫脲+4%CHAPS构成的变性环境已经足以
抑制大部分蛋白酶的 活性,
2M硫脲+4%CHAPS对于抽提膜蛋白有很大的帮助,
不过
如果您专职做膜 蛋白建议采用分级抽提法。
此外还可以采用梯度离心法和一些基于去垢剂的
方法。
ED TA用于灭活金属蛋白酶
(主要是其鏊合作用)。
加过多的蛋白酶抑制剂可以导
致蛋白 质的修饰,
做WB无所谓,
做MAILDI时会给正确鉴定带来麻烦。
裂解缓冲液中< br>少了两性电解质
(
在
2-D
裂解缓冲液中,
两性电解质起的作 用:
提供连续的
PH
梯度,
从很大
程度上增加蛋白质的溶解性
;
还可以去除一部分核酸
)
;也不推荐采用
SDS
,因
S DS
会与蛋白
质结合导致其等电点发生改变,如果您实在要用,终浓度降到
0.1%< br>以下。
CCC. Western Stripping Buffer
的配方
解答:
METHOD1
1
、
stripping
buffer:
62.5mmol/l
Tris
PH6.7
;
100mmol/l
beta- mercaptoethanol
;
2%SDS
二次发光
protocol:ing buffer
洗膜:
50
度水 浴
30
分钟,摇床上摇
10-20
分钟。
2
、
1*PBST
洗:摇床上摇
30
分钟。
3
、封闭,加一抗,二抗(同第一次发光)
METHOD2
(
50ml
总量):
?-mercaptoethanol 342
μ
l
;
20% SDS 5 ml
;
Tris-Cl pH 6.7 3.125 ml
;
加
ddH2O
至
50 ml
。
方法:将用过的膜浸入
stripping buffer
中,置
50℃水浴箱中
30min
,间断振摇。之后用
TTBS
洗< br>3*5min
就好。此时你已经可以按新的转移好的膜来再次使用了。
该方法的优点:省事,省力,省钱,符合国际惯例。
METHOD3
1
、
beta-metaptoethanol 35ul
2
、
10%SDS 1ml
3
、
tris (0.5M
,
pH6.7) 625ul
4
、
dH2O 3.34ml
50-
55℃,
30min
。
浅析双向凝胶电泳的样品制备
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